Dans les hauteurs de la rue Saint-jacques, cette église paroissiale fut bâtie de 1630 à 1684 en remplacement d’une ancienne chapelle paroissiale. Elle fut agrandie en 1688. Un cimetière existait naguère, ouvert en 1584 au chevet de la chapelle initiale, bordant l’actuelle rue de l’Abbé-de-l’Epée, appelée ruelle du cimetière Saint-Jacques. Son entrée se faisait au niveau du n°12. Il fut fermé en 1790.

Quelques personnalités furent inhumées en l’église :

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 Jean DUVERGIER de HAURANNE, abbé de Saint-Cyran (1581-1643) était un théologien, ami de Jansenius, qui fut à l’origine de la propagation du jansénisme en France. Attaqué par les Jésuites, il fut emprisonné à Vincennes d’où il ne sortit qu’à la mort de Richelieu.

 Jean-Dominique CASSINI (1625-1712) était un astronome et ingénieur italien naturalisé français en 1673. Attiré en France par Colbert en 1669, il fut reçu membre de l’Académie des sciences et devint le premier directeur de l’Observatoire de Paris à partir de 1671. Ses découvertes en astronomie furent nombreuses, en particulier celle des quatre satellites de Saturne. L’astéroïde 24101 Cassini et la sonde Cassini-Huygens ont été nommés en son honneur. On ne doit pas le confondre avec César Cassini, auteur de la carte de France qui porte son nom, qui était son petit-fils.

 le mathématicien Philippe DE LA HIRE (1640-1718) était le fils du peintre réputé Laurent de la Hire (1606-1656), mais il préféra l’étude des sciences. Membre de l’Académie des sciences à partir de 1678, ses travaux principaux portent sur la géométrie (il est un continuateur de l’œuvre de Blaise Pascal) mais également de la météorologie (son travail à l’Observatoire - relevé des températures journalières, de la pluviométrie, etc - le font passer pour le fondateur de cette science).

 Denis COCHIN (1726-1783) fut curé de cette église de 1757 à sa mort. Philanthrope, il fonda l’hôpital qui porte aujourd’hui son nom pour les pauvres de sa paroisse. Il a laissé également des ouvrages de dévotion. L’Hospice de la paroisse Saint-Jacques-du-Haut-Pas avait été fondé en 1779 pour les pauvres ouvriers blessés ; le quartier était occupé, en grande partie, par des ouvriers travaillant aux carrières voisines. Comme il fallait les transporter à l’Hôtel Dieu lorsqu’ils étaient blessés, ils manquaient de soins immédiats.

Outre la plaque funéraire au pied de l’autel, Jean-Denis Cochin bénéficie d’une autre plaque, transcription de la plaque originale, indiquant qu’il est inhumé au pied du choeur de l’église. Cette épitaphe fut restaurée par les soins de ses arrières-petits neveux en 1844.

 Sur la plaque commune est rappelée la présence dans cette église de la sépulture de Charles de SÉVIGNÉ (1648-1713), fils de la célèbre marquise, qui après avoir vécu une vie fort galante mourut dans l’austérité de la vie janséniste.

 les entrailles de Anne-Geneviève de BOURBON, duchesse de Longueville (1619-1679), l’âme de la première Fronde et soeur du grand Condé, furent déposées dans cette église où son coeur les rejoignit après la fermeture de Port-Royal-des-Champs où il avait été déposé à sa mort (son corps reposant quant à lui au couvent des carmélites du faubourg Saint-Jacques).

Leurs restes furent transportés en 1850 aux Catacombes. On ne sait ce que devirent les éventuels tombeaux ou plaques funéraires originales. L’église actuelle possède néanmoins, autour de l’autel, des plaques funéraires ayant valeur de cénotaphes qui en rappellent le souvenir.